Un equipo del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), junto al National Reference Center for Campylobacters and Helicobacters (Francia), ha desarrollado un método apoyado en la secuenciación genómica capaz de predecir con gran exactitud la resistencia de “Helicobacter pylori” a los principales antibióticos utilizados en su tratamiento. Esta herramienta posibilita seleccionar de antemano la terapia más adecuada para cada paciente.
Más de la mitad de la población mundial está colonizada por esta bacteria, que se aloja en el estómago y causa una de las infecciones crónicas más extendidas en humanos, aunque una parte importante de los portadores nunca llega a manifestar síntomas. Cuando aparecen, “Helicobacter pylori” puede provocar gastritis, úlceras pépticas y, con el tiempo, incrementar el riesgo de cáncer gástrico y de un tipo infrecuente de linfoma en el estómago.
Los tratamientos actuales buscan eliminar la bacteria para prevenir complicaciones graves y combinan varios antibióticos con fármacos que protegen la mucosa gástrica. “Los tratamientos para erradicar 'Helicobacter pylori' fallan en alrededor de un 25 por ciento de casos, generalmente debido a bacterias resistentes a alguno de los antibióticos usados”, ha explicado el profesor de investigación del CSIC en el IBV Iñaki Comas, líder del estudio publicado en “The Lancet Microbe”.
Hasta ahora, la forma habitual de evaluar la posible resistencia de la bacteria frente a determinados fármacos ha sido el cultivo bacteriano. Esta técnica se basa en hacer crecer la bacteria en condiciones controladas para obtener una población suficiente que permita estudiar su comportamiento frente a los medicamentos. En el caso de “H. pylori”, este procedimiento resulta especialmente laborioso y los resultados no siempre son comparables entre distintos laboratorios.
Frente a estas limitaciones, los autores del trabajo han diseñado un enfoque que sustituye los cultivos por la secuenciación del genoma bacteriano, con el objetivo de localizar mutaciones concretas asociadas a la resistencia a claritromicina y levofloxacino, dos antibióticos de referencia contra “Helicobacter pylori”.
“Aunque requiere un cultivo positivo (confirmación de presencia bacteriana en una muestra) para obtener el genoma de la bacteria, no es necesario hacer cultivos adicionales para identificar resistencias, lo que ahorra tiempo y recursos. Además, el método es más preciso y reproducible, evitando los errores asociados a las pruebas tradicionales”, ha destacado el investigador en la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (Fisabio) Álvaro Chiner, también autor principal del estudio.
Con la información obtenida, el grupo ha elaborado un catálogo de mutaciones genéticas que permite diagnosticar la resistencia mediante un único análisis genómico. Al mismo tiempo, han calculado la prevalencia mundial de estas resistencias, poniendo de manifiesto diferencias marcadas entre distintas zonas geográficas.
El estudio detalla que en el sudeste asiático hasta el 51,2 por ciento de las cepas analizadas mostraron resistencia a la claritromicina, mientras que la resistencia a la levofloxacina se situó por debajo del 13 por ciento. En cambio, en el sur de Asia más de la mitad de las cepas resultaron resistentes a la levofloxacina y menos del cinco por ciento presentaron resistencia a la claritromicina.
Herramienta escalable para diagnóstico y vigilancia
Según los investigadores, esta aproximación es aplicable a escala global y puede integrarse en plataformas de diagnóstico genómico, adaptándose a las particularidades de cada región. “Esta tecnología puede utilizarse en el diagnóstico clínico para seleccionar el tratamiento más adecuado desde el inicio”, ha subrayado Iñaki Comas. A su juicio, la expansión progresiva de la secuenciación genética en los hospitales, impulsada sobre todo tras la pandemia de Covid-19, facilitaría incorporar este tipo de análisis para “Helicobacter pylori”.
Además, el método se considera una herramienta útil para la vigilancia epidemiológica de la resistencia a antibióticos y para orientar el diseño de nuevas estrategias terapéuticas. A largo plazo, el equipo confía en que contribuya a disminuir los fracasos del tratamiento y a mejorar el control de las infecciones por “Helicobacter pylori” a nivel mundial.
El proyecto se enmarca en un consorcio internacional financiado y coordinado por Contanza Carmago, del Instituto Nacional del Cáncer de Estados Unidos. Junto a la Fundación Fisabio, han participado diversas instituciones científicas de España, Francia, Japón y Estados Unidos. Su financiación ha contado con el apoyo del Consejo Europeo de Investigación (ERC) y del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. El laboratorio de Iñaki Comas en el IBV-CSIC está integrado en el CIBER de Epidemiología y Salud Pública del Instituto de Salud Carlos III y en la Plataforma Temática Interdisciplinar (PTI) Salud Global del CSIC.