Una investigación coordinada por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) resalta el valor añadido de la secuenciación metagenómica viral como herramienta diagnóstica, al permitir localizar virus en muestras de líquido cefalorraquídeo de personas adultas con sospecha de infección del sistema nervioso central cuyos análisis convencionales habían sido negativos.
El trabajo, dado a conocer en “Journal of General Virology”, lo ha llevado a cabo un equipo del Centro Nacional de Microbiología (CNM) del ISCIII junto con los hospitales universitarios Puerta de Hierro de Majadahonda, en Madrid, y Reina Sofía, en Córdoba, además de diversos grupos de investigación tanto nacionales como de otros países.
Las infecciones víricas que afectan al sistema nervioso central pueden originar meningitis, encefalitis, mielitis y otras patologías neurológicas. Aun así, en un porcentaje considerable de pacientes no se logra determinar el agente responsable mediante las técnicas diagnósticas habituales.
Tal y como señalan desde el ISCIII, la enorme diversidad de virus capaces de provocar estas infecciones, la posible presencia del virus en cantidades muy bajas o el empleo de paneles diagnósticos que no incluyen todos los patógenos potenciales explican en parte estas dificultades para la identificación.
Ante este escenario, el grupo investigador ha recurrido a técnicas de secuenciación metagenómica viral con enriquecimiento por captura con sondas, un enfoque que hace posible rastrear de forma simultánea miles de virus conocidos directamente en las muestras clínicas.
Esta aproximación se ha aplicado a 40 muestras de líquido cefalorraquídeo de pacientes con sospecha de infección del sistema nervioso central en los que las pruebas previas no habían detectado ningún patógeno.
Virus detectados y valor de la metagenómica
Gracias a este procedimiento se han identificado secuencias virales en seis de los casos. En detalle, se halló pegivirus humano en tres pacientes, virus Toscana en uno, virus herpes simple tipo 1 en otro y virus varicela-zóster en un sexto paciente.
Todos estos hallazgos se verificaron posteriormente mediante técnicas moleculares específicas y, en varios de los episodios estudiados, se consiguieron genomas virales completos o casi completos, lo que ha permitido profundizar en la diversidad genética de los virus implicados.
En relación con el pegivirus humano, relativamente común y capaz de mantenerse de forma persistente en el organismo, la investigadora del CNM-ISCIII María Dolores Fernández-García ha recordado que no se ha vinculado de manera concluyente con una enfermedad concreta. Su detección en el líquido cefalorraquídeo supone una pista relevante para trabajos futuros, pero no prueba que fuera el origen de la sintomatología observada.
Respecto al virus Toscana identificado en una paciente con meningitis, la investigadora plantea la necesidad de considerar este virus en los cuadros de meningitis de causa desconocida que aparecen en los meses estivales, coincidiendo con la mayor actividad de los flebotomos, insectos parecidos a los mosquitos que actúan como vectores.
En el caso del virus herpes simple tipo 1 y del virus varicela-zóster hallados en dos pacientes con resultados negativos en el panel diagnóstico inicial, Fernández-García subraya que estos datos apoyan la importancia de recurrir a pruebas moleculares adicionales cuando la sospecha clínica se mantiene.
“Encontrar un virus no significa necesariamente que sea la causa de la enfermedad, pero puede aportar una pista importante para orientar el diagnóstico y futuras investigaciones”, ha destacado Fernández-García, que ha apuntado a la secuenciación metagenómica como “una herramienta complementaria de gran valor” en casos como los estudiados.
El estudio se integra en la tesis doctoral de la primera firmante, Ana Donoso, que desarrolla su trabajo en el CNM-ISCIII bajo la dirección de María Dolores Fernández-García, responsable del grupo de Gastroenteritis Víricas e investigadora del Área de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP) del Centro de Investigación Biomédica en Red (CIBER-ISCIII), quien ha liderado la investigación.